Jak je to s lhůtou pro stanovení daně při mezinárodním dožádání?

Mezinárodní dožádání má vliv na běh lhůty pro stanovení daně. U lhůt, jejichž běh započal před rokem 2014, to platí pouze u některých daní. Nejvyšší správní soud (NSS) ve své judikatuře dovodil, že existuje zásadní rozdíl mezi DPH a daní z příjmů. Zatímco u DPH ovlivňuje mezinárodní dožádání běh lhůty pro stanovení daně jen, pokud lhůta začala běžet v roce 2014 a později, u daní z příjmů toto omezení neplatí.

S účinností od 1. ledna 2014 byla přijata novela daňového řádu, která s platností pro všechny daně zavedla, že po dobu probíhajícího mezinárodního dožádání neběží lhůta pro stanovení daně. Tato novela nicméně neobsahovala žádné speciální přechodné ustanovení. Již v minulosti NSS v případě DPH dovodil, že lhůta pro stanovení daně je lhůtou hmotněprávní a nová právní úprava se proto uplatní až na lhůty, které začaly běžet po účinnosti novely, tj. po 1. lednu 2014. Dříve započaté lhůty pro stanovení daně mezinárodní dožádání neovlivní. 

Současně s touto novelou daňového řádu nabyla účinnosti i novela zákona o mezinárodní spolupráci při správě daní. Tento zákon již v minulosti určil, že lhůta pro stanovení daně se po dobu mezinárodního dožádání staví. Vztahuje se však jen na případy související s daní z příjmů, nikoli s DPH. Novela tohoto zákona již na přechodná ustanovení pamatovala. Na jejich základě NSS v nedávném rozsudku dovodil, že se v případě daně z příjmů při mezinárodním dožádání prekluzivní lhůta pro stanovení daně staví. 

Otázka vlivu mezinárodního dožádání na běh (prekluzivních) lhůt pro stanovení daně má přitom značné praktické dopady. Mezinárodní dožádání v praxi trvají řádově měsíce, jejich délka může překročit i roky. O tuto dobu se může protáhnout probíhající daňová kontrola, jelikož nebude limitována běžnou tříletou lhůtou pro stanovení daně. Pokud kontrola skončí doměrkem, potom platí, že čím déle trvala, tím vyšší je související úrok z prodlení.