Zastřená daňová kontrola: NSS přiblížil, kdy nastává okamžik jejího faktického zahájení
Zahájení daňové kontroly nemusí být vždy spojeno s formálním oznámením správce daně, jak předpokládá legislativa. Nejvyšší správní soud ve svém nedávném rozsudku připomněl, že daňová kontrola je zahájena již tehdy, kdy správce daně začne ověřovat rozhodné skutečnosti pro správné stanovení daně, a to třeba i v rámci vyhledávací činnosti.
Správné určení okamžiku zahájení daňové kontroly představuje zásadní moment v daňovém řízení. Ačkoliv je tradičně spojováno s formálním oznámením ze strany správce daně, v praxi se stále častěji setkáváme se situacemi, kdy úkony v rámci vyhledávací činnosti, které předcházejí formálnímu zahájení daňové kontroly, přesahují své zákonné meze a naplňují znaky faktického, tedy materiálního, provádění daňové kontroly. Vyhledávací činnost správce daně je přitom určena pouze pro shromažďování důkazů a informací o daňovém subjektu. Daňová kontrola již představuje postup správce daně, který ověřuje skutkový stav.
Zahájení daňové kontroly s sebou nese významné právní důsledky. Zejména má vliv na běh prekluzivní lhůty pro stanovení daně, která se opětovně rozbíhá od okamžiku zahájení daňové kontroly, a to bez ohledu na skutečnost, zda došlo k zahájení i formálně (oznámení) nebo pouze fakticky – činností správce daně. Daňový subjekt se o faktickém provádění daňové kontroly, pokud nebyla formálně zahájena, nemusí vůbec dozvědět. Zpraven je až při jejím formálním zahájení.
Správce daně vychází při výpočtu lhůty pro stanovení daně z okamžiku formálního oznámení o zahájení daňové kontroly. To ovšem může tuto lhůtu oproti jejímu trvání v případě, kdy by se počítala již od faktického zahájení daňové kontroly, výrazně prodloužit. Proto rozlišení formálního a faktického zahájení daňové kontroly není pouhou formalistní nuancí. Může totiž mít dopad na možnost správce daně na konci daňové kontroly daň stanovit nebo dokonce vůbec formálně zahájenou daňovou kontrolu jako takovou provádět. Pokud by formální zahájení daňové kontroly následovalo až s výrazným časovým odstupem po faktickém zahájení, může být tato “druhá” daňová kontrola považována za opakovanou. Tu však správce daně může zahájit pouze za určitých okolností.
Aktuální judikát: hranice mezi vyhledávací činností a faktickou kontrolou
Překročení pravomocí v rámci vyhledávací činnosti, tedy materiální zahájení daňové kontroly a jeho vliv na stanovení daně nedávno řešil Nejvyšší správní soud v rozsudku ze dne 10. dubna 2025 č.j. 6 Afs 169/2023–32. Daňový subjekt namítal, že daň byla vyměřena po uplynutí lhůty pro stanovení daně, protože ta se znovu rozběhla již v okamžiku materiálního zahájení kontroly v rámci vyhledávací činnosti.
NSS připomněl, že obsahem vyhledávací činnosti je sběr pokladových informací a „mapování terénu“, a to bez možnosti je hodnotit či osvědčovat je jako důkazy o skutkovém stavu. Jakmile však správce daně začne ověřovat a zjišťovat daňový základ nebo jiné okolnosti rozhodné pro správné stanovení daně, nachází se již v režimu daňové kontroly se všemi důsledky pro běh lhůty pro stanovení daně. NSS také konstatoval, že v daném případě sběr informací pro účely odpovědi na mezinárodní dožádání přijaté od zahraničního správce daně nepředstavuje materiální zahájení daňové kontroly. Za materiální zahájení daňové kontroly je však třeba považovat následné mezinárodní dožádání adresované zahraničnímu správci daně, které se již zaměřovalo na získání větších podrobností ke skutečnostem zjištěným v předcházejícím kroku. Z výše uvedených důvodu NSS vyhověl kasační stížnosti daňového subjektu a zrušil rozsudek Krajského soudu v Praze a věc mu vrátil k dalšímu řízení.
Důsledky pro praxi: vliv na prekluzivní lhůty i na stanovení daně
Ze závěrů NSS vyplývá, že v okamžiku, kdy správce daně překročí zákonný rámec vyhledávací činnosti, zahájí tak materiálně daňovou kontrolu. Tento okamžik je rozhodující z hlediska běhu prekluzivní lhůty pro stanovení daně, a to nezávisle na tom, zda následně dojde k formálnímu oznámení daňové kontroly. Praxe ukazuje, že podobné situace nejsou tak výjimečné, zejména se zvyšující se četností neformální komunikace mezi daňovými subjekty a správci daně. V rámci daňových litigací jsme se opakovaně setkali s případy, kdy správce daně de facto zahájil daňovou kontrolu před jejím formálním oznámením, což mělo posléze za následek nezákonnost stanovení daně na konci daňové kontroly.
Pokud se domníváte, že k něčemu obdobnému došlo i ve vašem případě, neváhejte se na nás obrátit. Rádi posoudíme situaci a navrhneme nejvhodnější procesní obranu.