Důležitost zevrubné dokumentace pro odpočty na výzkum a vývoj

V daném rozhodnutí se jednalo o případ projektové dokumentace s využitím podprojektů v rámci jednoho projektu. Vzhledem k tomu, že dokumentace nedostatečně vymezovala způsob kontroly a hodnocení projektu, daňové orgány nemohly ověřit, zda kontrola a vyhodnocení projektu proběhly, a pokud skutečně proběhly, zda lze případné záznamy o výsledcích kontroly použít při prokázání nároku na odpočet na podporu výzkumu a vývoje. Nejvyšší správní soud potvrdil, že pokud dokumentace nesplňuje formální kritéria, daňové orgány nemusí dokonce ani přistupovat k hodnocení materiálního obsahu projektu a jeho přínosu.

V této souvislosti je třeba zdůraznit, že novela zákona o daních z příjmů, která se použije pro daňové kontroly zahájené po 1. lednu 2024, umožňuje v případě pochybností správce daně prokazovat obsahové náležitosti projektové dokumentace dalšími důkazními prostředky. Neznamená to však, že by poplatník měl možnost doplňovat již správci daně předloženou schválenou projektovou dokumentaci v případě, že nesplňuje náležitosti stanovené zákonem. Fakticky nová právní úprava pouze umožňuje předloženou dokumentaci doplnit dalšími důkazními prostředky. 

Z pohledu závěrů daného sporu by tak poplatníci měli i nadále přistupovat k přípravě projektové dokumentace s maximální pečlivostí a důsledností. V projektech by měli klást důraz na jednoznačné vymezení cílů, metod kontroly a ověření jejich výsledků. Pro efektivní vedení dokumentace se doporučuje rozdělit projekt na logické části. Pro ně pak specifikovat dílčí cíle včetně parametrů, kterých by mělo být dosaženo, způsobu, jakým budou dosaženy, očekávaných výstupů a rovněž způsobu, jakým se ověří jejich dosažení. Taková praxe nejen zvyšuje průhlednost a kontrolu nad projektem, ale také usnadňuje obhajobu odpočtů při daňové kontrole.