Řízení před správcem daně se mnohdy protáhne déle, než by si daňové subjekty přály. Jako každé řízení před orgánem veřejné správy však i toto řízení podléhá určitým pravidlům. Ve vztahu k daňovým řízením uveřejnilo ministerstvo financí pokyn o stanovení lhůt při správě daní. Nejvyšší správní soud (NSS) pak v této souvislosti vydal rozsudek, který se zabývá přiměřenou lhůtou pro rozhodování Odvolacího finančního ředitelství (OFŘ).
V nedávném rozsudku se NSS věnoval nečinnosti OFŘ ve vztahu ke lhůtě šesti měsíců na vydání rozhodnutí o odvolání proti zrušujícímu rozsudku krajského soudu. Tato lhůta začíná běžet v okamžiku vrácení spisu zpět na OFŘ, staví se po dobu doplňování podkladů a nadřízený orgán ji může na žádost prodloužit až na dvojnásobek.
Pokud OFŘ během půl roku, který má na rozhodnutí, neučiní žádné úkony, dostane se podle NSS do stavu trvalé nečinnosti, který již není možné zhojit ani tím, že OFŘ nějaké úkony začne provádět. V případě, že je OFŘ tímto způsobem nečinné a rozhodnutí o odvolání ještě nevydalo, musí dle NSS soud nečinnostní žalobě vždy vyhovět. Pokud krajský soud nečinnostní žalobě vyhoví, tak sám stanoví novou lhůtu, ve které má OFŘ rozhodnout.
V praxi je poměrně obtížné poznat, zda správce daně ve věci činí konkrétní úkony. Každý úkon nicméně musí být zaznamenán ve správním spisu. Pokud se v případě kontrolních postupů správce daně dlouhou dobu nic neděje, je nejlepší variantou nahlédnout do spisu. Má-li daňový subjekt pocit, že lhůty stanovené pokynem ministerstva financí již uplynuly, nabízí se využít podnět na nečinnost podle daňového řádu. Správce daně by pak měl daňový subjekt informovat o stavu řízení. Pokud ani poté není činnost správce daně uspokojivá, může daňový subjekt po marném využití stížnosti podat žalobu na nečinnost podle soudního řádu správního.