Nový metodický pokyn finanční správy k postupu po konci lhůty pro stanovení daně

Rozhodnutí rozšířeného senátu přineslo dva zásadní závěry v souvislosti s uplynutím lhůty pro stanovení daně a změnilo dosavadní správní praxi. 

Prvním zásadním závěrem je, že po uplynutí lhůty správce daně nemůže stanovit daň. To má praktický dopad zejména tam, kde správce daně zahájil kontrolu daňového přiznání poplatníka s nárokem na odpočet DPH nebo snížením daně, o kterém nestihl ve lhůtě pro stanovení daně rozhodnout. Zatímco doposud v tomto případě správce daně akceptoval tvrzení daňového subjektu a vyplatil odpočet DPH nebo zohlednil na daňovém účtu v přiznání tvrzený přeplatek, nově řízení zastaví, aniž by o dani rozhodl.

Samotný pokyn finanční správy popisuje fáze řízení (prvoinstanční, odvolací, období po něm), v nichž došlo k uplynutí lhůty nebo zjištění, že lhůta uplynula, a jejich řešení. K jednotlivým situacím GFŘ připravilo i praktickou přílohu, která obsahuje přehledná schémata s postupem.

Pokyn v souvislosti se změnou přístupu obsahuje také vstřícný krok finanční správy vůči poplatníkům. Jedním z důsledků nového postupu totiž je, že odpočet DPH, který správce daně nestihne stanovit, musí případně daňový subjekt požadovat po státu jako škodu. S ohledem na zásady procesní ekonomie a principy dobré správy však finanční správa nebude v případech přiznané zálohy na odpočet DPH nebo nepravomocně přiznané části odpočtu požadovat její vrácení nazpět. Takto přiznaný odpočet tedy daňovému subjektu zůstane, aniž by musel být vymáhán podle zákona o odpovědnosti státu za škodu způsobenou při výkonu veřejné moci.

Druhý závěr rozhodnutí rozšířeného senátu se týká případů, v nichž lze (objektivní) lhůtu pro stanovení daně prodloužit až na jedenáct let (namísto klasických maximálně deseti let). Pokud daňový subjekt podá dodatečné tvrzení na nižší daň v posledních dvanácti měsících objektivní desetileté lhůty, rozhodnutí i nový pokyn umožňují provést kontrolu, jejímž výsledkem však nesmí být vyšší daň, nýbrž (částečné) vyhovění požadavku v dodatečném přiznání nebo jeho odmítnutí. I pro tuto situaci pak pokyn uvádí několik situací, jak může taková kontrola s ohledem na uplynutí lhůty pro stanovení daně skončit.