Odpočet na výzkum a vývoj od roku 2026 – co se změní a co zůstává?
Několik zásadních změn v oblasti odpočtu na výzkum a vývoj (VaV) přináší novela, která od 1. ledna 2026 nabývá účinnosti. Týkají se zejména způsobu výpočtu odpočtu a lhůty pro jeho uplatnění. Parametry prokazování, jako například prokázání mzdových nákladů uvedených v oddělené evidenci, ale zůstávají beze změny.
Nejpodstatnější změnou od ledna 2026 je zvýšení odpočtu ze 100 procent vynaložených nákladů na VaV na 150 procent, a to až do limitu 50 milionů korun. Do uvedeného limitu se však nezahrnují pouze výdaje dané společnosti, ale i výdaje všech poplatníků, kteří jsou součástí stejného odpočtového celku (tj. ovládající osoba a osoby, které ovládá sama nebo společně s jinou osobou).
Zároveň se prodlužuje lhůta pro uplatnění odpočtu ze tří na pět let. Spolu s tímto prodloužením se ruší podmínka, že odpočet lze odložit jen v případě nízkého základu daně nebo daňové ztráty. Podrobnosti najdete v našem předchozím článku.
Novela otevírá firmám nové možnosti, jak podpořit vlastní inovační aktivity. Zvýšení odpočtu a prodloužení lhůty pro jeho uplatnění představují atraktivní příležitost, jak získat výraznou finanční výhodu a posílit konkurenceschopnost na trhu. Aby však firmy mohly tuto příležitost skutečně využít, musejí důsledně a transparentně evidovat veškeré náklady a čas věnovaný projektům výzkumu a vývoje. Judikatura Nejvyššího správního soudu jasně ukazuje, že úspěšné čerpání daňových benefitů je podmíněno nejen splněním zákonných požadavků, ale právě a především správnou evidencí nákladů.
V nedávném rozsudku (č. j. 3 Afs 122/2025–73) společnost evidovala mzdové náklady na základě procentuálního podílu zaměstnanců na projektu VaV, přičemž tyto podíly byly stanoveny manažerským rozhodnutím, nikoli na základě objektivně měřených údajů. Společnost nevedla formální evidenci docházky, ani výkazy práce a na projektu nebyl zaveden ani žádný jiný systém pro vykazování práce.
NSS konstatoval, že procentuální vyjádření podílu zaměstnance na projektu není samo o sobě špatně. Nesmí se však jednat o pouhý odhad. Zároveň potvrdil, že zákon o dani z příjmů v souvislosti s odpočtem na VaV neukládá povinnost vést výkazy práce jednotlivých pracovníků. Je však zásadní, aby byl daňový subjekt schopen doložit a prokázat dobu, kterou ve skutečnosti daný zaměstnanec strávil na řešení daného projektu. Nestačí tedy pouze sumarizace mzdových nákladů nebo procentuální vyjádření podílu zaměstnance na projektu, pokud není doloženo, jak k těmto údajům subjekt dospěl a zda odpovídají skutečnosti. NSS rozhodl, že daňový subjekt neunesl důkazní břemeno, a nemá tak nárok na odpočet na VaV.
Rozsudek přináší několik důležitých poznatků, které by neměly uniknout žádnému subjektu využívajícímu tento daňový benefit. Při uplatňování odpočtu na VaV je nutné vést detailní a ověřitelnou oddělenou evidenci nákladů, pravidelně kontrolovat a dokumentovat skutečně odpracovaný čas na projektu. Zároveň je důležité uchovávat podklady, které umožní zpětně ověřit správnost údajů.
Propojením nových legislativních možností s důsledným nastavením interních procesů tak firmy nejen minimalizují riziko daňových sporů, ale zároveň maximalizují svůj potenciál pro čerpání výhod, které novela přináší. Správná evidence se tak stává klíčem k úspěchu v novém daňovém režimu a konkurenční výhodou pro ty, kteří jsou na změny připraveni.