Finanční úřady často staví daňové subjekty do pozice, ve které musí prokázat celkovou správnost daně vykázané v daňovém přiznání. Důkazní břemeno obecně nese daňový subjekt, jsou však případy, kdy prokazovat musí správce daně. Pro zvolení vhodné procesní strategie daňové kontroly je zásadní správně určit, kdo má povinnost prokazovat.
Na základě judikatury vykrystalizovaly tři hlavní oblasti, kde je důkazní břemeno obrácené, tedy musí prokazovat správce daně, aby mohl daň doměřit.
Převodní ceny
Určit a prokázat konkrétní cenu, která je v souladu s tržním principem, je povinen správce daně. V praxi daňové kontroly zaměřené na transakce se spojenými osobami často nedojdou až ke stanovení ceny, ale správce daně se zaměří na prokazování obsahu přijatého plnění a tzv. benefit test. Zde má pozici jednodušší, protože prokazuje daňový subjekt a finančnímu úřadu stačí zpochybňovat. Prokázat je potřeba podstatu nákladu (např. opodstatnění a obsah přijaté služby) a jeho vynaložení za účelem dosažení, udržení a zajištění zdanitelných příjmů. To bývá složité zejména u nehmotných služeb, například manažerských poplatků.
Zneužití práva
Pokud správce daně rozporuje transakci s argumentací, že jejím převažujícím (či jediným) účelem bylo získání daňové výhody v rozporu se smyslem právní úpravy, je povinen prokázat, že tomu tak skutečně bylo. Daňový subjekt může na svoji obranu dokládat řádné ekonomické důvody, avšak primární důkazní břemeno nese správce daně.
Podvod na DPH
Jedním z důvodů, proč nebývá v kontrolách uznán nárok na odpočet DPH, je prokázání podvodu na DPH v dodavatelském řetězci, o kterém daňový subjekt měl nebo mohl na základě určitých indicií vědět. Prokázat podstatu a přijetí plnění (např. uskutečnění reklamní služby) a jeho využití pro ekonomickou činnost musí daňový subjekt. Ovšem daňový podvod a indicie, které k němu vedou, už musí prokazovat správce daně. Ten nemůže nutit daňový subjekt, aby dokládal, že o podvodu nevěděl, ani nemohl tušit. Daňový subjekt může prokazovat, že přijal dostatečná opatření, aby plnění zasažené podvodem na DPH nepřijal.
Otázka, co, jak a kdy prokazovat, je v rámci kontrol vždy zásadní pro zvolení vhodné strategie. Jak je vidět z jednotlivých případů, kdy musí prokazovat správce daně, rozložení důkazního břemene se v průběhu kontroly často mění. Je důležité tento zlomový bod zaznamenat a uzpůsobit mu procesní strategii.