Lze podat dodatečné přiznání k DPH po skončení daňové kontroly?

Správce daně během daňové kontroly dospěl k závěru, že daňový subjekt nepředložil dostatečné důkazy prokazující přijetí služeb, ze kterých uplatnil nárok na odpočet DPH na vstupu. Na základě toho vydal dodatečné platební výměry. Daňový subjekt po jejich vydání „překvapil“ správce daně tím, že podal dodatečná přiznání k DPH na nižší daň. Předložil přitom nové důkazy, které měly prokázat správnost jeho původních tvrzení. 

Správce daně dodatečná přiznání k DPH zamítl a řízení zastavil s odůvodněním, že subjekt dodatečná přiznání podal mimo lhůtu daňové kontroly a nepředložil nové důkazy odůvodňující opakovanou daňovou kontrolu. Shodného názoru bylo i Odvolací finanční ředitelství (OFŘ). 

Krajský soud však rozhodnutí OFŘ zrušil s odůvodněním, že nesprávně aplikovalo zákon a dodatečná přiznání k DPH byla podána v souladu s právními předpisy. Uvedl, že daňový řád nevylučuje podání dodatečného daňového přiznání na daň nižší, než která je pravomocně stanovena dle výsledků daňové kontroly. Opačná by byla situace, kdy by poslední známá daň byla stanovena dle pomůcek nebo na základě sjednání daně, nebo pokud by dodatečné daňové přiznání bylo podáno během probíhající daňové kontroly. 

NSS potvrdil závěry krajského soudu a zdůraznil, že daňový subjekt má právo podat dodatečné daňové přiznání na nižší daň, pokud zjistí, že daň byla stanovena v nesprávné výši. Toto právo není omezeno ani ukončením daňové kontroly (s výjimkou daně stanovené dle pomůcek nebo sjednáním). NSS odmítl tvrzení OFŘ, že u pravomocně doměřené daně na základě provedené daňové kontroly platí presumpce její správnosti. V návaznosti na podání dodatečného daňové přiznání může správce daně zahájit daňovou kontrolu a doměřit daň z moci úřední, čímž je zajištěna rovnováha mezi oprávněními správce daně a daňového subjektu. Platí tedy, že ve lhůtě pro stanovení daně je daňové řízení otevřeno pro daňové subjekty i správce daně.

NSS nepřisvědčil krajskému soudu v otázce, zda je pro možnost podat dodatečná daňová přiznání i po skončení daňové kontroly relevantní to, jsou-li naplněny důvody pro opakovanou daňovou kontrolu. Dle něj to relevantní není.

Rozhodnutí NSS má významný dopad na praxi. Daňové orgány musí pečlivě posuzovat nové důkazy a skutečnosti předložené daňovými subjekty a nemohou automaticky zastavit řízení o dodatečných daňových přiznáních s odkazem na presumpci správnosti dříve stanovené daně. Daňové subjekty by si měly být vědomy možnosti podat dodatečná daňová přiznání i po ukončení daňové kontroly.