NSS k vlivu mezinárodního dožádání na běh lhůty pro stanovení daně
S účinností od 1. ledna 2014 prodlužuje probíhající mezinárodní dožádání lhůtu pro stanovení daně. Tedy lhůtu, ve které může správce daně daň vyměřit či doměřit. Nejvyšší správní soud (NSS) se ve svém rozsudku zabýval výkladem časové účinnosti této úpravy. Prodlužuje mezinárodní dožádání zahájené v roce 2014 i prekluzivní lhůty, které začaly běžet v předchozích letech? Na první pohled ryze teoretická otázka, rozhodnutí NSS však může v praxi vést k ukončení řady probíhajících daňových kontrol.
Mezinárodní dožádání, kdy si český správce zjišťuje u svých zahraničních kolegů informace potřebné pro správu daní, může být časově velmi náročné. Český finanční úřad přitom nemá možnost ovlivnit délku jeho trvání. Proto se od roku 2014 zavedlo pravidlo, podle kterého mezinárodní dožádání staví prekluzivní lhůtu pro stanovení daně. Nová právní úprava však neobsahovala speciální přechodné ustanovení. V praxi nebylo jasné, zda odeslání žádostí o mezinárodní spolupráci prodlužuje i lhůty započaté před rokem 2014. Finanční správa zastávala názor, že ano.
NSS se zabýval případem daňové kontroly za zdaňovací období z průběhu let 2010 a 2011, která byla zahájena v roce 2012. Správce daně v letech 2014 a 2015, tj. za účinnosti novely, odeslal žádosti o mezinárodní spolupráci. Lhůta pro stanovení daně proto dle jeho názoru neběžela a kontrola mohla pokračovat. Soud však dospěl k opačnému závěru. Odmítl bez výslovného přechodného ustanovení na běh prekluzivní lhůty započaté před nabytím účinnosti novely aplikovat novou právní úpravu, která by šla k tíži daňového subjektu. Zjednodušeně řečeno, odeslání žádosti o mezinárodní dožádání neprodlužuje běh lhůty pro stanovení daně, která začala běžet před 1. lednem 2014. V této konkrétní kauze tak již „lhůta pro doměření daně“ uběhla a správní soudy zakázaly správci daně pokračovat v daňové kontrole.
Při daňových kontrolách za starší zdaňovací období s mezinárodním aspektem doporučujeme věnovat tomuto rozsudku zvýšenou pozornost a prověřit, zda již neuplynula lhůta pro stanovení daně. Správce daně nesmí v takovém případě v daňové kontrole pokračovat a doměřit daň.