NSS: Zvláštní úprava lhůty pro stanovení daně má přednost před úpravou obecnou

Nejvyšší správní soud se zabýval vztahem mezi obecnou úpravou lhůty pro stanovení daně podle daňového řádu a její zvláštní úpravou v zákoně o daních z příjmů, a to z titulu zahájení daňové kontroly za období, ve kterém byla vykázána daňová ztráta. Předmětem sporu bylo, zda v takovém případě při zahájení daňové kontroly začne běžet nová tříletá lhůta podle obecné úpravy v daňovém řádu, anebo se konec lhůty pro stanovení daně bude řídit speciální úpravou podle zákona o daních z příjmů, která prodlužuje lhůtu pro stanovení daně při vykázání daňové ztráty. NSS uvedl, že pokud se rozběhne nová prekluzivní lhůta, její délka se řídí lhůtou podle zvláštní úpravy § 38r odst. 2 zákona o daních z příjmu.

Správce daně zahájil u společnosti dne 25. 11. 2015 kontrolu daně z příjmů právnických osob za zdaňovací období roku 2013, kdy daňový subjekt vykázal daňovou ztrátu. Posledním zdaňovacím obdobím, kdy mohl daňovou ztrátu uplatnit jako odčitatelnou položku, byl rok 2018, a proto lhůta pro stanovení daně končila současně se lhůtou pro stanovení daně roku 2018, tedy 1. 4. 2022 (speciální ustanovení v zákoně o daních z příjmů). Nicméně daňový subjekt se odkazoval na obecnou prekluzivní lhůtu v daňovém řádu – tři roky od zahájení daňové kontroly za předmětné období – a zastával názor, že lhůta pro stanovení daně uplynula již 25. 11. 2018. Pokračování v kontrole po tomto datu považoval za nezákonný zásah.  

NSS uzavřel, i s odkazem na svoji dřívější judikaturu, že úprava prekluzivní lhůty v zákoně o daních z příjmů má povahu zvláštní právní úpravy oproti obecné úpravě v daňovém řádu. Ustanovení v zákoně o daních z příjmů obsahuje speciální pravidlo pro stanovení konce prekluzivní lhůty pro vyměření daně v případě ztrát. Skutečnost, že u daňového subjektu byla zahájena daňová kontrola, vede k tomu, že od jejího zahájení běží znovu osmiletá prekluzivní lhůta podle zákona o daních z příjmů, která končí v daném případě 25. 11. 2023. NSS zároveň připomněl obecné omezení maximální desetiletou lhůtou pro stanovení daně, v daném případě končící 1. 4. 2024. 

NSS zároveň s odkazem na předchozí judikaturu připomněl, že taková úprava prekluzivní lhůty pro stanovení daně platí pouze ve vztahu k danému období, nikoli ve vztahu ke všem obdobím provázaným vykázáním daňové ztráty. Smyslem této úpravy je umožnit dokončení řízení ve vztahu k danému zdaňovacímu období, nikoli ve vztahu ke všem obdobím, s nimiž je toto období provázáno na základě možnosti uplatnit daňovou ztrátu. Opačný výklad by totiž fakticky vedl k tzv. řetězení ztrát, což NSS opakovaně odmítl.

Sdílet článek