NSS: Pravomoc správce daně registrovat daňový subjekt k DPH není časově neomezená

Daňový subjekt v prosinci roku 2009 jednorázově překročil obrat rozhodný pro povinnou registraci k DPH a v souladu s tehdejšími předpisy byl do 15. ledna povinen podat přihlášku k registraci plátce DPH. Obrat rozhodující pro povinnou registraci k DPH již v dalších letech nepřekročil. Jelikož se daňový subjekt k DPH sám nezaregistroval, provedl to správce daně z moci úřední 18. prosince 2013 a zaregistroval jej jako plátce DPH zpětně k 1. lednu 2013.

S tímto postupem daňový subjekt nesouhlasil a namítal, že správce daně o registraci z moci úřední rozhodl více než tři roky po uplynutí zákonné lhůty k podání přihlášky pro registraci k DPH. Správce daně oproti tomu zastával názor, že právo registrovat daňový subjekt z moci úřední v zásadě žádné lhůtě nepodléhá.

Takový názor správce daně považoval NSS za nepřijatelný, protiústavní a vedoucí k absurdním důsledkům. Přestože se daňový subjekt nepochybně stal plátcem daně ze zákona, musí být i zásahy do daňových práv a povinností daňových subjektů ze strany správce daně časově omezeny. NSS konstatoval, že pokud se správci daně nepodaří protiprávní situaci napravit včas a v zákonné lhůtě, nelze vůči daňovému subjektu vyvozovat žádné negativní důsledky vyplývající z porušení jeho povinnosti registrovat se k DPH.

Právo správce daně registrovat podnikatele jako plátce DPH je dle NSS omezeno lhůtou podle § 20 odst. 2 daňového řádu, která velmi úzce souvisí se lhůtou pro stanovení daně. Pouze v této lhůtě musí daňový subjekt strpět postupy a jiné úkony správce daně, a proto je počátek běhu této lhůty rozhodující. 

Závěrem NSS uvedl, že pokud lhůta pro registraci daňového subjektu marně uplynula, je na něj třeba nahlížet, jako by nikdy plátcem DPH nebyl. Lhůtu pro stanovení daně je třeba chápat nejen jako lhůtu, v níž mohou plynout daňovým subjektům dodatečné daňové povinnosti, ale také jako lhůtu, ve které se správce daně může domáhat splnění registrační povinnosti.