Vracení nesporné části nadměrného odpočtu posvětil i SDEU

Otázka vracení nesporné části nadměrného odpočtu prošla poměrně bouřlivým vývojem na úrovni Krajského soudu v Ostravě, Nejvyššího správního soudu (NSS) i Ústavního soudu. Ten jednoznačně dovodil, že zadržování nesporné části nadměrného odpočtu je protiústavním zásahem do vlastnického práva. Podle Ústavního soudu totiž absence úpravy možnosti vydání částečného platebního výměru v žádném případě nebrání jeho vydání. Zákonodárce na to reagoval chystanou novelou daňového řádu zavádějící zálohu na odpočet daně. Na základě předběžné otázky položené NSS v kauze Agrobet (C‑446/18), zda je vrácení nadměrného odpočtu podmíněno ukončením řízení o všech zdanitelných plněních v daném zdaňovacím období, se problematikou nakonec zabýval i SDEU.  

SDEU uzavřel, že nemožnost vrátit nespornou část nadměrného odpočtu DPH by byla v rozporu se zásadou daňové neutrality. Současně se vyjádřil k podmínkám, za kterých lze hovořit o nesporné části nadměrného odpočtu. Soud připustil, že určit nespornou část odpočtu půjde obvykle až v průběhu daňové kontroly. Správce daně musí zajistit, že jeho podezření, pokud se prokáží, nebudou mít vliv na částku nadměrného odpočtu, která se jeví být nezpochybněná, a zadruhé, že nerozšíří rozsah kontroly na všechna původně nekontrolovaná plnění či na některá z nich. Daňový subjekt musí mít možnost prokázat, že určitá část odpočtu je nesporná, a správce daně musí mít možnost o ní rozhodnout. SDEU se také vymezil proti „vykusování“ jednotlivých odpočtů – o nesporné části odpočtu lze hovořit jen tehdy, pokud je vykázán nadměrný odpočet za celé zdaňovací období. 

Závěry SDEU nastavují mantinely toho, jak by mělo vracení nesporné části odpočtu probíhat a budou důležité pro praktickou aplikaci zálohy na odpočet daně, která je součástí připravované novely daňového řádu.